Dalam upaya memberikan bantuan perlindungan WNI termasuk pelajar Indonesia yang terkena dampak gempa bumi di wilayah Kumamoto dan Beppu, KBRI Tokyo telah membentuk tim satgas bantuan bencana gempa yang telah diturunkan sejak Sabtu, 16 April 2016. Tim Bantuan KBRI Tokyo diberangkatkan dengan membawa bahan makanan, minuman, obat-obatan serta keperluan-keperluan darurat lainnya. Tim Bantuan KBRI Tokyo merupakan tim pertama yang tiba di lokasi bencana Kumamoto dibanding negara-negara ASEAN lainnya. Tim mengunjungi 7 titik evakuasi warga Indonesia, yang terbanyak adalah di Universitas Kumamoto, 83 orang termasuk 24 anak-anak.

Keadaan warga di lokasi evakuasi, khususnya di Universitas Kumamoto, secara umum baik dan aman. Namun mengingat ketidakmenentuan kapan gempa akan berakhir dan dinyatakan aman untuk kembali ke rumah serta pembatasan air, makanan, air minum dan sebagainya, banyak warga yang stress dan trauma. Terlebih ada anak-anak yang memerlukan perhatian lebih. Mengingat fasilitas logistik umum di Kumamoto masih belum berjalan normal, KBRI Tokyo akan kembali mengirim Tim KBRI (Tahap 2) untuk kembali memberikan bantuan dan dukungan kepada WNI sampai situasi dapat kembali ke keadaan yang relatif lebih aman dan stabil.

Sedangkan, untuk menangani para WNI yang sebagian besar adalah pelajar Indonesia di wilayah Beppu, pada Minggu (17 April 2016) Tim Bantuan KBRI Tokyo telah bergerak menuju Beppu (130 km dari Kumamoto), Prefektur Oita, untuk memberikan bantuan kepada warga dan mahasiswa Indonesia di Asia Pacific University (APU) yang jumlahnya sekitar 350 orang. Berdasarkan komunikasi dengan Ketua PPI Beppu, kondisi di Beppu relatif lebih baik dibanding Kumamoto karena skala gempa 3 sampai 5 skala richter. Namun demikian, terjadi penipisan bahan makanan dan minuman di toko-toko karena diborong (panic buying) untuk menyimpan persediaan apabila terjadi gempa yang lebih besar.

Mahasiswa APU, termasuk dari Indonesia, harus mengungsi di titik evakuasi sekolah-sekolah yang ada di sekitar universitas. Pada hari Minggu pagi, 17 April 2016, mahasiswa sudah diperbolehkan untuk kembali ke dormitory masing-masing. Keadaan mahasiswa Indonesia di APU pada umumnya baik, namun banyak yang shock, stress dan cemas akan terjadinya lanjutan gempa yang besar.

Pemantauan sampai dengan hari Senin, 18 April 2016, di Beppu, adalah bahwa sarana publik seperti air dan listrik tetap menyala, toko-toko tetap buka secara normal, dan Pemerintah setempat sudah membuka kembali sekolah untuk belajar mengajar. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa situasi di Beppu sudah berangsur normal dan tidak dalam keadaan darurat,

Dari hasil pemantauan selama 5 hari terakhir, secara umum warga Indonesia dalam kondisi yang baik, meskipun masih memerlukan bantuan dan perhatian dari semua pihak. Penggalangan bantuan dari KBRI Tokyo kepada tokoh WNI, organisasi mahasiswa dan organisasi kemasyarakatan telah membawa hasil yang baik dimana WNI saling bahu membahu dan saling menolong sehingga diharapkan semua keperluan darurat dapat tercukupi.

Dalam penanganan kondisi darurat gempa di Komamoto dan Beppu, KBRI Tokyo melakukan koordinasi yang erat dengan Kemlu Jepang, Pemerintah Kota setempat, Persatuan Pelajar Indonesia (PPI) dan tokoh masyarakat Indonesia. Informasi penting pada kondisi darurat ditampilkan pada akun twitter @KBRITokyo dan diharapkan dapat dipantau oleh warga dan keluarga masyarakat. Hotline KBRI Tokyo selalu aktif dan merespon apabila terdapat panggilan dari warga.